La première mention connue de la paroisse, qui appartient alors aux templiers de Lacapelle-Livron (aujourd'hui en Tarn-et-Garonne), semble être de 1179 ; l'église forme parfois une commanderie avec Carnac, elle est unie à Cambayrac en 1342 mais indépendante en 1533 (Clary, 1986). Au vu de l'architecture et du décor, il ne fait aucun doute que l'église a été entièrement reconstruite à la fin du 15e siècle ou au début du 16e siècle. Le patronage a été transféré aux hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem au début du 14e siècle, et la chapelle sud est timbrée des armoiries de l'ordre de Malte. Il semble que la nef n'ait été voûtée qu'en 1749, date inscrite sur l'une des clefs de voûte (source : https://www.pop.culture.gouv.fr/notice/merimee/IA46101361). Pour visiter cette église il est recommandé de prendre au préalable rendez-vous en contactant la mairie de Villesèque.
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